在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高医院，拥有二十个学科为国家临床重点专科建设项目（骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科），妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心，产科、康复医学科为国家产科专业、国家康复医学医疗质量管理和控制中心。
十余年来，北医三院门、急诊量医院前列。年，年服务门诊患者万余人次，急诊患者近27万人次，出院患者逾11万人次，完成手术6.3万例次。平均住院日为5.51天/人次。在北京市DRGs（疾病诊断相关组）综合评价中，北医三院各项主要管理指标达先进水平。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。
近年来，医院对外合作取得实质进展，集团化发展初具规模。年，受张家口市人民*府和崇礼区*府委托，全医院，北医三院崇礼院区揭牌；受北京大学指派，与延安市*府正式签约，医院，北医三院延安分院揭牌；与首都机场集团公司合作，接管医院，北医三院首都国际机场院区揭牌。此外，医院深度合作在即，海淀北部医学中心建设稳步推进，北医三院顺义院区进入筹备阶段。集团化发展战略为学科发展赢得了宝贵的空间，医院未来合理布局提供了前所未有的机遇。
北医三院拥有国内最强的脊柱外科和目前世界规模最大、治疗方法最全面的生殖医学中心之一。中国大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平；消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列；心血管内科在冠心病介入治疗、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内一流水平；成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年有近名医学生、余名博士生、硕士生在此学习。同时，还承担着余名进修医生和近名北京市住院医师规范化培训任务。每年个国家级和北京市级继续教育项目吸引了全国各地1.1万名学员。
北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科；3个教育部重点实验室：辅助生殖、分子心血管学（参与）和视觉损伤与修复（参与）；1个国家卫生健康委重点实验室：心血管分子生物学与调节肽；8个北京市重点实验室：磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。截至年底，北医三院35个科室人次担任中华医学会等主系列学术团体二级分会副主委以上兼职；16个科室36人次在中国科技论文统计源期刊收录杂志任副主编以上兼职。
年1月，北医三院签署国内首个3D打印人体植入物科研成果产业化协议。
北医三院为第一完成单位，乔杰院士团队牵头的“配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用”研究荣获年国家科技进步奖二等奖；“生殖细胞发育的表观遗传调控机制及体外干预方法研究”项目，荣获年中华医学科技一等奖；骨科刘忠*教授团队牵头的“3D打印钛合金骨科植入物的临床应用与关键技术研究”荣获年北京市科学技术奖一等奖。
年，北医三院辅助生殖技术系列研究成果作为改变民生的临床技术唯一代表，入选“伟大的变革——庆祝改革开放40周年大型展览”。
北医三院以强烈的社会责医院改革。近年来不断提高管理水平，参与多个国家级重大项目和课题的研究，取得成果被*府相关管理部门所采纳。在临床路径、优质服务护理工程、对口支援、医联体建设、援藏援疆支边等医院的作用。同时，医院还承担着国家重大活动的医疗保障工作，承担着重大突发事件的医疗救援任务。近年来，出色完成了北京奥运会、建国六十周年庆典、抗震救灾、健康快车、埃博拉出血热病人救援、非洲“光明行”、历次全国“两会”等各项医疗保障任务。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国文明单位、全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、医院中医药工作示范单位、首都十大疾病科技攻关与管理工作核心单位等，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“全国青年文明号”荣誉称号，医院被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。年，北医三院迎来六十华诞，金秋十月，医院创新发展峰会暨北医三院建院60周年学术研讨会在北京国际会议中心召开。大会以“创新点亮未来”为主题与国内外同行共医院创新发展之路，引起国内同行的广泛